事業承継・M&A補助金 申請ガイド｜4枠の対象・補助率・上限とjGrants申請手順

事業承継・M&A補助金とは（旧・事業承継引継ぎ補助金からの沿革）

事業承継・M&A補助金は、中小企業・小規模事業者の事業承継やM&A（第三者承継）を後押しする国の補助金です。中小企業庁の「中小企業生産性革命推進事業」の一環として実施され、かつての「事業承継・引継ぎ補助金」を再編・改称したものにあたります。世代交代やM&Aに伴う設備投資、専門家（FA・仲介など）への費用、M&A後の経営統合（PMI）、廃業・再チャレンジまでを、目的別の複数の枠で幅広くカバーするのが特徴です。

本ページは、どの枠が自社に当てはまるか、補助率・上限・対象経費はどれくらいか、そしてjGrants（電子申請）での申請手順までを、申請を検討する売り手・買い手の目線で整理した「申請ガイド」です。各公募回の採択率・採択件数や公募回ごとの傾向の分析は事業承継・M&A補助金の採択結果分析に集約しているため、本ページでは制度の仕組みと申請実務に絞って解説します。

本ページの補助率・上限額は「令和7年度補正予算（14次・15次公募）」の公募内容に基づく一般的な整理です。枠の構成・補助率・上限額・対象経費・申請期間は公募回ごとに変わるため、申請前に必ず事業承継・M&A補助金 公式サイトおよび中小企業庁の最新の公募要領で確認してください。

4つの枠の役割分担マップ（どの局面でどの枠か）

事業承継・M&A補助金は、大きく次の4つの枠で構成されます。自社が「いまどの局面にいるか」で使う枠が変わります。

• 事業承継促進枠：親族内承継・従業員承継などで、世代交代を機に設備投資や新たな取り組みを行う場合。
• 専門家活用枠：M&A（第三者承継）で会社・事業を譲り渡す／譲り受ける際に、FA・仲介などの専門家を活用する場合。本サイトの読者（売り手・買い手）が最も使う枠です。
• PMI推進枠：M&Aで譲り受けた後の経営統合（PMI）に、専門家活用や設備投資を行う場合。
• 廃業・再チャレンジ枠：事業の一部または全部を廃業し、再チャレンジする場合（他の枠と併用可能）。

「会社を売りたい／買いたい」段階なら専門家活用枠、「買収後の統合」ならPMI推進枠、というのが基本の対応関係です。

枠別の補助率・補助上限・対象経費

各枠のおおよその補助率・上限額・対象経費は次のとおりです（令和7年度補正予算の公募に基づく目安。最新値は公募要領で要確認）。

専門家活用枠の主な対象経費は、FA・仲介に係る費用、デューデリジェンス（DD）費用、セカンドオピニオン費用、表明保証保険料、謝金・旅費・外注費・委託費・システム利用料などです。事業承継促進枠・事業統合投資類型では設備費・産業財産権等関連経費・委託費等、廃業・再チャレンジ枠では廃業支援費・在庫廃棄費・解体費・原状回復費・リース解約費・移転費等が対象です。補助率・上限は公募回・賃上げ要件・企業規模等で変動します（出典1・出典2）。

対象者の要件とM&A支援機関登録制度

補助対象となるのは、日本国内に事業所を置く中小企業・小規模事業者（個人事業主を含む）が中心です。枠ごとに「いつまでにM&A・承継を行う／行った」などの要件が定められています。

特に重要なのが、専門家活用枠でFA・仲介の費用を補助対象にするには、その専門家が中小企業庁の「M&A支援機関登録制度」に登録されている必要があるという点です。登録FA・仲介を使わないと費用が補助対象外になり得るため、相談先を選ぶ段階から登録の有無を確認しておくと安全です。仲介とFAの違い・選び方はM&A仲介とFAの違い 完全比較、相談先全般の比較は事業承継・M&Aの相談先 完全比較を参照してください。

申請から入金までの全体フロー

補助金は「申請すればすぐもらえる」ものではなく、採択→交付決定→事業実施→実績報告→確定→請求という流れを経て、原則として後払い（精算払い）で入金されます。全体像は次のとおりです。

• ① 公募要領の確認・枠の選定：自社に合う枠と要件・対象経費を確認する。
• ② GビズIDプライムの取得：電子申請に必須（後述）。早めに取得しておく。
• ③ jGrantsで交付申請：事業計画・見積・必要書類を添付して電子申請。
• ④ 審査・採択発表：採択後、交付申請・交付決定を経て事業を開始。
• ⑤ 補助事業の実施：交付決定後に契約・発注・支払いを行う（決定前の発注は対象外になり得る）。
• ⑥ 実績報告・確定検査：経費の証憑をそろえて報告。
• ⑦ 補助金額の確定・請求・入金：精算払いで入金される。

採択率や公募回ごとの傾向（どの枠が通りやすいか等）は本ページでは扱わず、採択結果分析に整理しています。

jGrants・GビズID取得から電子申請までの手順

事業承継・M&A補助金の申請は、国の補助金電子申請システムjGrants（Jグランツ）から行います。jGrantsの利用にはGビズIDプライムアカウントが必要です。

• ① GビズIDプライムを取得：申請書を作成し、印鑑（登録）証明書を添えて運用センターへ提出します。審査・発行に一定の期間がかかるため、公募締切から逆算して早めに申請するのが重要です（オンライン申請に対応する場合もあります。最新の取得方法は公式サイトで確認）。
• ② jGrantsにログイン：取得したGビズIDプライムでjGrantsにログインします。
• ③ 補助金を検索し申請フォームへ：「事業承継・M&A補助金」を検索し、該当する枠の申請フォームに事業計画・経費明細などを入力します。
• ④ 必要書類を添付：決算書、登記事項証明書、見積書、M&A関連資料、（枠により）賃上げ表明書やM&A支援機関登録制度に関する確認書類などを添付します（必要書類は枠ごとに異なるため公募要領で確認）。
• ⑤ 電子申請・受付：内容を確認して申請。受付番号で進捗を管理できます。

GビズIDの取得待ちで締切に間に合わない、というのが実務で最も多いつまずきです。M&Aや承継を検討し始めた段階で、先にGビズIDプライムだけ取得しておくことをおすすめします。

補助金とM&A手数料・事業承継税制との関係

専門家活用枠は、FA・仲介に支払う費用の一部を補助するものです。そのため、まずM&Aの手数料がどの程度かかるかを把握したうえで、補助でどこまで軽減できるかを考えると見通しが立てやすくなります。レーマン方式・最低報酬など手数料の仕組みはM&A手数料の相場で確認できます。

なお、補助金と「事業承継税制」（贈与税・相続税の納税猶予）は別の制度です。補助金は費用の一部を給付するもの、事業承継税制は自社株式にかかる税の納税を猶予・免除するものです。事業承継税制の特例措置には提出・適用の期限があり、混同しやすいので注意してください。詳細は事業承継税制（特例措置）の期限を参照してください。

地域の上乗せ補助・公的窓口の活用

国の補助金に加えて、都道府県・市区町村や商工会議所・商工会が独自に事業承継・M&A関連の補助や支援を設けている場合があります。国の補助金と地域支援を組み合わせられるケースもあるため、自社の所在地の支援メニューもあわせて確認しましょう。

地域の公的相談窓口（事業承継・引継ぎ支援センターなど）の使い分けは中小企業の公的相談窓口ガイド、地域ごとの事業承継・M&Aの状況は後継者不在の現状と解決策や各都道府県ページで確認できます。補助金活用を前提にしたM&Aの進め方は、まず概算の価格感の把握（無料の企業価値の簡易試算）から始めるとスムーズです。

出典

• 出典1：事業承継・M&A補助金 公式サイト（事務局）https://shoukei-mahojokin.go.jp/
• 出典2：中小企業基盤整備機構「補助金活用ナビ」事業承継・M&A補助金のご案内（4枠の補助率・上限・対象経費）https://seisansei.smrj.go.jp/subsidy_guide/subsidy_info/succession_subsidy.html
• 出典3：中小企業庁「中小企業生産性革命推進事業『事業承継・M&A補助金』公募要領」（最新の公募回をご確認ください）https://www.chusho.meti.go.jp/
• 出典4：経済産業省「GビズID」／デジタル庁「jGrants（Jグランツ）」（電子申請）https://gbiz-id.go.jp/

よくある質問（FAQ）

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監修

今井 健太郎（株式会社KI Strategy 代表取締役）

早稲田大学政治経済学部卒。大手シンクタンクを経て、2016年に株式会社KI Strategyを設立。M&Aアドバイザリー、デューデリジェンス（BDD/ITDD）、PMI支援を専門とする。情報経営イノベーション専門職大学（iU）客員教授。プロフィール詳細 →